1978. godine osnovan je Laboratorij za epidemiologiju kroničnih bolesti i antropologiju Instituta za medicinska istraživanja i medicinu rada Sveučilišta u Zagrebu. 1979. godine osnovan je Sektor za antropologiju Instituta za medicinska istraživanja i medicinu rada Sveučilišta u Zagrebu.

Kao samostalan institut, Ministarstvo znanosti i tehnologije Republike Hrvatske osnovalo je Institut za antropologiju – Zagreb, odlukom ministra znanosti Republike Hrvatske dana 10. veljače 1992. godine, te je time Institut postao najmlađa znanstvena institucija a koja sudjeluje i u edukacijskom procesu u sklopu Sveučilišta u Zagrebu.

Institut je nastao reorganizacijom Instituta za medicinska istraživanja i medicinu rada Sveučilišta u Zagrebu, nakon što su na inicijativu rektora Sveučilišta u Zagrebu pozitivno odgovorile sve članice Sveučilišta, smatrajući kako na Sveučilištu u Zagrebu treba oformiti znanstvenu instituciju tog profila.

Osnivanje Instituta za antropologiju – Zagreb 1992. godine bilo je temeljeno na potrebi boljeg institucionaliziranja znanstvenog, stručnog i edukacijskog rada na području antropologije kao medicinske, prirodne, društvene i humanističke znanosti u Republici Hrvatskoj, budući da znanstvena institucija tog profila u nas do tada nije postojala. Institut omogućuje kontinuirani znanstveno-istraživački rad na području antropologije temeljen na vlastitim kao i mnogobrojnim znanstvenim iskustvima i dostignućima u svijetu.

Problem rada Instituta proučavanje je brojnih interakcijskih procesa holističkim pristupom, a koji su kroz biološku i socio-kulturnu povijest djelovali na uobličavanje ljudskih populacija u prostoru (kao specifičnoj ekološkoj niši) i vremenu (s obzirom na genetičke generacije i transmisiju genetskog materijala). Aktualnost antropoloških istraživanja upravo naših populacija, a koje u mnogim područjima nestaju (primarno kroz depopulaciju i selektivnu migraciju stanovništva), i to, prvenstveno, kao reprodukcijski izolirane skupine, te one što su bile i koje su danas podvrgnute različitim ekološkim presijama (što odraza nalaze primarno u problematici medicinske antropologije i ekologije čovjeka) obvezuje nas da upravo u ovoj generaciji znanstveno skupimo podatke o socio-kulturnim, biološkim i medicinskim svojstvima našeg stanovništva i proučimo načine njegovog formiranja s obzirom na mnogobrojne presije različitih čimbenika okoliša kojima je izloženo.

Ti će podaci rezultirati davanjem novih znanstvenih spoznaja i s pravom će se moći ekstrapolirati u budućnost i primijeniti u različitim oblicima procesa planiranja. Tijekom Domovinskog rata članovi Instituta za antropologiju – Zagreb pokrenuli su među antropolozima i etnolozima svijeta, iz gotovo svih zemalja, akcije pružanja moralne i intelektualne podrške Republici Hrvatskoj i time doprinijeli boljoj objektivnoj informiranosti znanstvenika o zbivanjima u našoj domovini. Posebice smo ponosni na činjenicu što smo u jeku Domovinskog rata, u ljeto 1992. godine uspjeli organizirati prvi međunarodni znanstveni skup u neovisnoj i međunarodno priznatoj Hrvatskoj.

Skup pod naslovom “Anthropology and Health: Who is normal? Perspectives on Health and Human Variation” održan je od 16. do 22. kolovoza 1992. u Motovunu, uz sudjelovanje prijatelja i kolega iz SAD-a, Norveške, Slovenije i Hrvatske.